鳥類與獸腳類恐龍有著密切的親緣關(guān)系的觀點提出后，引起了很大的爭議。有人認(rèn)為，巨齒龍和鴕鳥后肢的相似性是因為這兩種動物都是大體型的兩足動物，是他們具有相似的使用下肢的方式形成的。 后來，直到上世紀(jì)初，由于在獸腳類恐龍身上都沒有發(fā)現(xiàn)鎖骨，所以有人又認(rèn)為獸腳類恐龍顯然缺乏鎖骨，而鳥類不僅有鎖骨，而且左右兩根鎖骨已融合成一塊叉骨，所以，獸腳類恐龍不可能進(jìn)化成鳥類。由于其它爬行動物有鎖骨，所以提出鳥類的祖先一定是由一種更為古老而有鎖骨的爬行動物進(jìn)化而來的，因為根據(jù)生物進(jìn)化理論中的不可逆性，獸腳類失去了的鎖骨不可能在進(jìn)化過程中重新獲得。 可在20世紀(jì)20年代和30年代，新的發(fā)現(xiàn)逐步推翻了獸腳類恐龍沒有鎖骨的觀點，發(fā)現(xiàn)在一些小型的獸腳類恐龍的遺骸中保存有完整的鎖骨。20世紀(jì)60年代末，美國耶魯大學(xué)的古生物學(xué)家約翰.H.奧斯特龍描述了屬于獸腳類的恐爪龍的骨骼解剖特征。這是一種有鐮刀形爪子的食肉恐龍，體形約有青年人大小，大約生活在1.15億年前白堊紀(jì)早期的美國蒙大拿州。70年代，奧斯特龍發(fā)表了一系列論著，找出了鑒別鳥類（包括始祖鳥）和恐龍，以及其它獸腳類恐龍都有而別的爬行動物卻沒有的一組特征。基于上述研究結(jié)果，他得出結(jié)論說，鳥類直接起源于小型的獸足類恐龍。 緊接著八十年代，有科學(xué)家將奧斯特龍的比較特征及其它許多特征用新的生物系統(tǒng)分類方法——分枝系統(tǒng)法，對鳥類、恐龍及與之有親緣關(guān)系的爬行動物進(jìn)行研究，得出了與奧斯特龍同樣的結(jié)論：鳥類起源于小型的獸腳類恐龍。